根据医院的规模、性质和处理废水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。

医院废水处理流程工艺选择原则为：

1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。

对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。

医疗污水处理设备优点有:

1.设备埋于地表下，上面可以进行绿化，环境美观。

2.整个设备一般不需要专人管理。

3.可以减少占地面积，设备上方可修建停车场等，无需建厂房等设施。

4.对周围环境无影响、污泥产生量少、噪音小于二类地区的标准。

5.操作简便、工艺新、效果好、使用寿命长。

6.设备可按标准布置，也可随地形需要特殊布置。